Jonathan Livingston è un gabbiano diverso dagli altri. Ha uno spirito critico e indipendente,e non riesce a sopportare i litigi quotidiani per la scarsità di cibo. All'interno del suo gruppo sembra che l'unico obiettivo sia la semplice sopravvivenza. A differenza degli altri, Jonathan è animato da una vera passione per il volo in tutte le sue forme, e il suo spirito si eleva mentre, volando, esperimenta e scopre sempre di più sulla propria natura e sull'ambiente che lo circonda, cercando di raggiungere velocità sempre maggiori.

Questo suo comportamento non convenzionale non viene accettato dallo stormo, che decide di allontanarlo, etichettandolo come "emarginato". Ma Jonathan, con grande determinazione, prosegue nella sua ricerca, puntando a obiettivi sempre più alti e ambiziosi, ottenendo spesso notevoli successi. Conduce una vita lunga e piena, la sua tristezza non è dovuta alla solitudine, ma alla consapevolezza che i suoi compagni non potranno mai conoscere le autentiche meraviglie del volo, così come le ha conosciute lui.

Negli anni della sua vecchiaia, incontra due gabbiani splendenti che condividono le sue capacità e gli spiegano che, nonostante abbia già molto appreso, è giunto il momento di andare "a casa", in un luogo dove potrà elevare ancora di più il suo spirito e il suo volo.

Jonathan oltrepassa la realtà così come la conosce, entrando in una dimensione che inizialmente crede essere il paradiso. In questo luogo, tutti i gabbiani, come lui, si dedicano con gioia a manovre di volo straordinarie e velocità stupefacenti. Sullivan, il suo istruttore, gli spiega che solo alcuni gabbiani riescono a raggiungere questa elevata esistenza, mentre la maggior parte rimane intrappolata in un ciclo perpetuo nella stessa realtà.

Chiang, il Gabbiano Anziano della comunità, rivela a Jonathan che questo luogo non è il paradiso, ma che il paradiso è raggiungere la perfezione in sé: una capacità che va oltre tempo e spazio. Chiang, dimostrando di aver raggiunto una velocità perfetta, scompare e riappare un istante dopo.

Quando Jonathan chiede di apprendere queste abilità, Chiang gli insegna che il segreto del vero volo sta nel riconoscere che la propria essenza esiste attraverso tutte le ere e in ogni luogo. Jonathan, seguendo gli insegnamenti di Chiang, inizia a fare progressi notevoli. Un giorno, Chiang, trasformandosi lentamente in un essere di luce abbagliante, scompare, lasciando a Jonathan un ultimo consiglio: "continua a lavorare sull'amore".

Riflettendo sulle parole di Chiang e dopo una discussione con Sullivan, Jonathan decide di tornare sul suo pianeta d'origine per insegnare al suo vecchio stormo tutto ciò che ha appreso. Una volta tornato, incontra Fletcher Lynd Seagull, un altro appassionato di volo, recentemente emarginato dallo stormo. Jonathan decide di fare di Fletcher il suo primo allievo, guidandolo attraverso il nuovo cammino di scoperta e apprendimento.

Jonathan ora ha raccolto un piccolo gruppo di "emarginati" come allievi di volo, con Fletcher il più promettente tra questi, e dice loro che "ciascuno di noi è, in realtà... un'idea illimitata di libertà". Ma la vera natura delle sue parole non è ancora compresa dai suoi allievi, che pensano di ricevere solo lezioni di base per il volo.

Per un mese, Jonathan audacemente li porta a eseguire acrobazie aeree davanti allo stormo perplesso. Alcuni membri dello stormo, poco a poco, si uniscono agli "emarginati", mentre altri lo etichettano come un messia o un diavolo; Jonathan si sente incompreso.

Un giorno, Fletcher muore in un incidente durante il volo. Svegliandosi in un'altra realtà, sente la voce di Jonathan che gli dice scherzosamente che il segreto per superare i limiti di tempo e spazio è procedere passo dopo passo, senza fretta. Fletcher ritorna miracolosamente in mezzo allo stormo sbigottito, alcuni dei quali temono e condannano il suo ritorno soprannaturale, ma Jonathan insiste dicendo che lui deve imparare ad amare lo stormo, nonostante la loro ignoranza.

Il corpo di Jonathan inizia improvvisamente a svanire; chiede a Fletcher di evitare che gli altri lo pensino come un dio o qualcosa di simile, e dà un ultimo consiglio: "scopri ciò che già sai". Presto, Fletcher si trova di fronte a un gruppo di nuovi allievi entusiasti. Condivide con loro il pensiero di Jonathan, che i gabbiani sono idee illimitate di libertà e i loro corpi non sono nient'altro che pensiero stesso, ma questo solo confonde i giovani gabbiani. Ora comprende perché Jonathan gli ha insegnato a procedere lentamente, passo dopo passo. Riflettendo in privato sull'idea di Jonathan che non ci sono limiti, Fletcher sorride pensando che ciò significa che rivedrà Jonathan, un giorno, molto presto.